En junio de 2006, la Corte Suprema intimó a los gobiernos nacional, bonaerense y porteño: en un mes debían presentar un plan de saneamiento de la cuenca hídrica Matanza-Riachuelo. En la misma disposición, la Corte ordenaba que 44 grandes empresas instaladas en la zona (como las petroleras Repsol-YPF, Shell y Eg3, las alimentarias Danone y Molinos, petroquímicas y curtiembres) entregaran estudios de impacto ambiental. A todos, el tribunal los convocó a dar explicaciones en una audiencia pública de la que también tomaron parte vecinos de la cuenca que habían promovido la causa.

En el inicio del caso, había 140 vecinos y damnificados, muchos de ellos habitantes del asentamiento Villa Inflamable, en Dock Sud. Allí, frente a la refinería de Shell, a la vera del Riachuelo, denunciaron que las napas subterráneas que abastecen al conurbano se encuentran muy cerca del suelo (a 15 centímetros) y están contaminadas con metales pesados, como plomo puro. Al reclamo se sumaron veinte profesionales (médicos, psicólogos, odontólogos y enfermeros) del Hospital Fiorito, de Avellaneda, con problemas de salud derivados de atender a pacientes afectados por la contaminación.

El tribunal dividió el caso: por un lado, envió a la Justicia de primera instancia los reclamos por daños individuales derivados de la polución, pero se declaró competente para analizar el daño colectivo. Los jueces recordaron que, según la reforma constitucional de 1994, “todos los habitantes gozan del derecho a un ambiente sano, equilibrado”, que las actividades productivas deben preservar y que todo daño ambiental “genera la obligación de recomponer”. La referencia era sobre el incumplimiento de la Ley General del Ambiente (25.675), promulgada en noviembre de 2002 pero reglamentada años después, por lo que en ese momento la Corte daba indicaciones para el acatamiento de la norma.

En noviembre de ese mismo año, la ley 26.618 creó la Autoridad de la Cuenca Matanza-Riachuelo, un ente interjurisdiccional presidido por el secretario de Ambiente y Desarrollo Sustentable, e integrado por otros siete miembros en representación de la Nación, la provincia de Buenos Aires y la Ciudad. En julio de 2008, la Corte estipuló tres objetivos para la Acumar: mejorar la calidad de vida de los habitantes de la cuenca, recomponer el medio ambiente y prevenir daños. Además, estableció la aplicación de una multa diaria al presidente de la Acumar en caso de que se incumplieran los plazos. La misma resolución dispuso la participación de un cuerpo colegiado de ONG coordinado por el defensor del Pueblo de la Nación y delegó la ejecución de su sentencia en el Juzgado de Primera Instancia de Quilmes, a cargo de Luis Antonio Armella.