El Ministerio de Educación designó al licenciado José Francisco Piñón como miembro de la Comisión Nacional de Evaluación y Acreditación Universitaria, cargo en el que estará durante cuatro años. En 1977, como rector de la Universidad del Salvador, el académico le había entregado el reconocimiento honoris causa al genocida Emilio Massera, motivo por el cual la FUBA manifestó su repudio y exigió cierre de ese organismo.

El decreto 1118, firmado por el presidente Mauricio Macri y el ministro de Educación, Esteban Bullrich, indica que Piñón ejercerá un cargo en la Coneau "a partir del 1º de septiembre de 2016 y por un período de cuatro años".

Durante un acto en la Universidad del Salvador que tuvo lugar el 25 de noviembre de 1977, Piñón -exmilitante de la Organización Universitaria Peronista (OUP) que respondía a la organización nacionalista Guardia de Hierro- le entregó el honoris causa a Emilio Massera y dijo: "La Universidad del Salvador, comunidad de la Iglesia enraizada en la Nación Argentina, abrevando en las fuentes de la historia, encuentra su misión particular en la formación de conciencias superiores".

En su discurso, el almirante genocida pronunció una de sus grandilocuentes homilías sobre “la vida o la muerte, la libertad o la esclavitud” y el “choque deslumbrante de las culturas y de las anticulturas”, el “espacio galáctico y el coloquio del átomo”, tal como lo reveló Página/12.

También se refirió a la indiferencia de los jóvenes, al amor promiscuo, las drogas alucinógenas y la “derivación previsible” de esa “escalada sensorial” en “el estremecimiento de la fe terrorista”. Objetó a Marx, Freud y Einstein, por cuestionar el carácter inviolable de la propiedad privada, agredir el “espacio sagrado del fuero íntimo”, y poner en crisis la condición “estática e inerte de la materia”.

Entre 1999 y 2006, Francisco Piñón fue secretario general de la Organización de Estados Iberoamericanos para la Educación, la Ciencia y la Cultura (OEI), con sede en Madrid.

El presidente de la FUBA, Julián Asiner, repudió el decreto firmado por Macri y Esteban Bullrich y sostuvo que "Piñón fue un aliado de la dictadura militar, como muchos otros elementos ligados a una Iglesia que promovió y bendijo a los genocidas".