En los meses siguientes a la masacre de Avellaneda, Marcelo Saín realizó una investigación sobre los hechos. Había asumido, dos días después de los asesinatos de Kosteki y Santillán, como asesor del Ministerio de Seguridad bonaerense. El dato más importante que encontró fue la conexión entre el comisario Fanchiotti y sus policías -los autores materiales de los crímenes- con la SIDE, la agencia de inteligencia del Estado Nacional (hoy AFI). Saín reveló que durante la represión, Fanchiotti y sus oficiales llamaron con sus celulares “a cerca de diez teléfonos, todos registrados a nombre de la SIDE”. 

Así lo señaló en la segunda parte del documental La crisis causó 2 nuevas muertes, de Patricio Escobar. “A los pocos días de asumir, un comisario general que estaba al frente del área de Comunicaciones de la cúpula de la policía pidió hablar conmigo. Me dijo ‘esto fue armado: cuando hay un operativo de esta envergadura, los jefes operacionales generalmente piden una capa de comunicación especial, porque tienen interés en que quede todo registrado. Pero acá (en su área de Comunicaciones) no se operó por ninguna capa, lo que significa que operaron por fuera del sistema de comunicación policial”, cuenta en la entrevista.

¿Y por dónde operaron? Saín tiene la hipótesis de que los policías reprimieron en comunicación con la SIDE. Explicó que el comisario que le llevó la información le dijo que tenía “un entrecruzamiento de los teléfonos celulares de Fanchiotti y el resto de los oficiales que lo asistían a él con cerca de diez teléfonos, todos registrados a nombre de la SIDE”.

Quien estuvo a cargo del tema en la SIDE fue Oscar Rodríguez, por entonces viceministro de inteligencia de la Nación. Rodríguez había sido intendente de San Vicente, y tenía una relación fluida con el entonces presidente Eduardo Duhalde.

El duhaldismo también tenía “un férreo control” --recordó Saín-- de la División Departamental de Lomas de Zamora de la policía bonaerense, departamental que el día del operativo sobre el Puente Pueyrredón decidió que los efectivos no usaran un canal especial de radio para sus comunicaciones. Usar un único canal para las modulaciones, exclusivo, era lo acostumbrado en los operativos grandes, para evitar que las órdenes se superpusieran con otros operativos y para grabarlas. La consecuencia de esa decisión fue que no quedara registro de las comunicaciones entre los policías, lo que resultaba muy conveniente tanto para instalar la versión de que los piqueteros se habían matado entre ellos -esto es lo que intentó instalar el gobernador Felipe Solá- como para lo que quedó como versión oficial del gobierno: que la masacre fue un desborde del comisario Fanchiotti. Aunque tampoco esto es sostenible, ya que además de los dos muertos hubo 33 heridos de bala, en una persecución a los manifestantes que se extendió en un radio de veinte cuadras a la redonda, durante más de una hora.

“Claramente”, señaló Saín, “ hubo una decisión política de producir un hecho ejemplificador que fuera culminante en la puja que el peronismo duhaldista tenía con los movimientos sociales”.