La situación era confusa y por el momento resultaba imposible saber quién controlaba el país, después de que Tanzania informara que Nkurunziza había tomado un avión rumbo a Burundi, donde el aeropuerto de la capital estaba cerrado y no llegaban aviones.

El general y exjefe del servicio de inteligencia burundés, Godefroid Nyombare, anunció la destitución del mandatario y agregó que "se disolvió el gobierno", antes de ordenar el cierre del aeropuerto y las fronteras del país. Nyombare había sido destituido a su vez en febrero por el jefe de Estado después de que le desaconsejara presentarse a un tercer mandato, considerado inconstitucional por sus adversarios políticos.

El general afirmó que estaba dispuesto a formar un "comité para la restauración de la armonía nacional", una entidad temporal cuya "misión, entre otras, es la restauración de la unidad nacional... y la reanudación del proceso electoral en un ambiente pacífico y justo". "Se pide a todo el mundo que respete la vida y las propiedades de los otros", declaró Nyombare.

El anuncio de Nyombare llegó horas después de que Nkurunziza viajara a Dar es Salaam (Tanzania) para hablar con líderes regionales y buscar soluciones a la crisis en Burundi. Poco después, la presidencia de Burundi afirmó en Twitter que el intento de golpe de Estado "fracasó". "La situación está bajo control, no hay golpe en Burundi", indicó el mensaje.

Fuerzas militares leales a Nkurunziza parecían seguir controlando instituciones clave, como el palacio presidencial y la radiotelevisión pública, según constataron testigos y un corresponsal de la agencia AFP. Los soldados realizaron disparos al aire para impedir que los manifestantes se dirijan hacia el edificio de la radio y televisión.

Desde hace algunas semanas se registraron grandes protestas en el pequeño país de África Oriental contra la intención del presidente de presentarse a un tercer mandato en las elecciones programadas para el 26 de junio, pese a que la Constitución solo permite dos mandatos. Sin embargo, la Corte Constitucional de Burundi dictaminó que el primer mandato no contaba porque Nkurunziza había sido elegido por el Parlamento y no con los votos de la población.

Los disturbios despiertan temor de nueva violencia étnica en Burundi, donde la guerra civil (1993-2005) que enfrentó a hutus y tutsis dejó más de 300.000 víctimas. De acuerdo con cifras de la ONU, unas 50.000 personas ya huyeron a los países vecinos.