Funes reconoció que fueron los integrantes del Batallón Contrainsurgente Atlacatl quienes cometieron la matanza entre el 11 y el 13 de diciembre de 1981: "Se cometieron un sinnúmero de actos de barbarie y violaciones a los derechos humanos: se torturó y ejecutó a inocentes. Mujeres y niñas sufrieron abusos sexuales y cientos de salvadoreños y salvadoreñas hoy forman parte de una larga lista de desaparecidos, mientras otros y otras debieron emigrar y perderlo todo para salvar sus vidas".

La masacre de El Mozote, un caserío a 175 kilómetros al oriente de San Salvador, es quizá la mayor masacre cometida en Latinoamérica contemporánea, dijo Funes, quien destacó el papel de dos mujeres ya fallecidas: Rufina Amaya, sobreviviente de El Mozote y testigo presencial de lo ocurrido, y María Julia Hernández, directora de Tutela Legal del Arzobispado, quien investigó la matanza.

El presidente salvadoreño acusó a los tres máximos jefes del Atlacat: el teniente coronel Domingo Monterrosa, comandante de aquel Batallón; su segundo al mando, el mayor José Armando Azmitia Melara, y al jefe operativo, el entonces mayor Natividad de Jesús Cáceres Cabrera, quienes fueron responsables directos de la masacre, según el Informe de la Verdad (1993), y ordenó al Ejército "una revisión de su interpretación de la historia a la luz de este reconocimiento. (...) Precisamente porque a 20 años de los Acuerdos de Paz estamos ante una institución militar diferente, profesional, democrática, obediente al poder civil, no podemos seguir enarbolando y presentando como héroes de la institución y del país a jefes militares que estuvieron vinculados a graves violaciones a los derechos humanos", advirtió el primer mandatario, quien arribó al poder en representación del Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN).

Funes exhortó también a los fiscales y a los jueces de su país a que "revisen lo que tengan que revisar" para terminar con la impunidad en El Salvador, país donde ningún militar ha sido enjuiciado por los crímenes cometidos durante la guerra civil, que comenzó en 1980, con un saldo de 75.000 muertos y 8000 desaparecidos, y concluyó un día como hoy, hace 20 años, con la intermediación de la Organización de Naciones Unidas (ONU).