Aunque la causa principal por la desaparición y muerte de Santiago Maldonado había entrado en un laberinto de parálisis judicial, nunca estuvo terminada ni cerrada como se pretendió. Luego de sucesivos fallos de instancias superiores, el juez federal Gustavo Lleral tuvo que activarla y lo hizo al sumar otra investigación abierta sobre las irregularidades que cometió la Gendarmería durante el operativo represivo del 1 de agosto de 2017 en la comunidad mapuche recuperada de Cushamen, que tomó la información de los sumarios iniciados por el Ministerio de Seguridad, entre otros elementos nuevos. "Si finalmente el juez avanza con todo lo que no hizo hasta ahora, se investigaría todo junto, esto implica analizar la ilegalidad que venimos denunciando del operativo y la flagrancia trucha que invocó el gobierno de Cambiemos para avanzar sobre la Pu Lof sin orden judicial, y la muerte de Maldonado en la idea de que, por ejemplo, pudo haber habido torturas tales como haberlo dejado morir de frío, una audaz posibilidad que introdujo el fallo de Casación", explicó a Página12 el abogado Mauricio Rojas, querellante en la causa por la APDH (Asamblea Permanente por los Derechos Humanos).

El fiscal federal Federico Baquioni solicitó la declaración indagatoria de los gendarmes Juan Pablo Escola, jefe del escuadrón 36 de Esquel; Marcelo Ferreyra y Víctor Vaquila Ocampo por posible comisión de "daño, abuso de autoridad y omisión de los deberes de funcionario público". Lo hizo en el marco del pedido de reapertura de la investigación respecto a "posibles irregularidades desplegadas por agentes de Gendarmería Nacional y que precedieron el fatal desenlace investigado en la causa 8232/2017", es decir el expediente madre del caso Maldonado". En septiembre de 2019 la Cámara Federal de Comodoro Rivadavia revocó el sobreseimiento del gendarme Emmanuel Echazú, y determinó que la muerte de Santiago fue "traumática y dudosa por haber acontencido en un contexto de intervención estatal". Baquioni reclama que se haga la reconstrucción de los hechos, una medida que nunca se concretó. 

La denuncia inicial sobre la incursión de los cuatro escuadrones de Gendarmería para hacer cesar el corte de la ruta cuarenta por una docena de jóvenes mapuche --que incluyó balas de goma y de plomo, piedrazos, filmaciones que se cortaron e insultos como 'vamos a quemarles las casas a estos indios de mierda'-- había sido archivada por inexistencia de delito en la fiscalía de Silvina Ávila, que aplicó el manual completo dictado por el gobierno basado en la supuesta legalidad para actuar cuando el delito se está cometiendo en flagrancia. En los hechos, la interrupción del tránsito había cesado hacía horas, y fue más bien producto del operativo cerrojo desplegado para impedir que la comunidad recibiera ayuda o pudiera salir a informar lo que sucedía detrás de la tranquera. El corte había sido motivado por el encarcelamiento de su lonko, Facundo Jones Huala en Bariloche.

Cuando tuvo que intervenir la Cámara de Casación expresó que la muerte de Maldonado no fue una desaparición forzada pero, en un fallo engañoso y confuso, indicó que había que investigar otros posibles escenarios, en acuerdo con el planteo de la APDH respecto del nexo de causalidad entre la irrupción armada de centenares de gendarmes y el asesinato del joven viajero anarquista, en consonancia con la hipótesis del Cels sobre un posible abandono de persona. El camarista Gustavo Hornos, en voto disidente, avaló que se siga investigando la desaparición forzada pero yendo aún más alla. "La ausencia de signos físicos de violencia no permite concluir sin más la inexistencia de ilícitos tales como la desaparición forzada, el homicidio, o la tortura. La acción de efectivos de una fuerza de seguridad de compeler a una víctima a nadar en un río con las ropas puestas –aún sin tocarla– puede eventualmente ser subsumida en la figura de imposición de tormentos, incluso seguida de muerte (art. 144 ter, incs. 1o y 2o) si el nexo causal del comportamiento con tal resultado típico fuera debidamente acreditado", había dicho.

Entre las pruebas revalorizadas por el fiscal federal está el video publicado por Página12 en abril de 2019, con el saqueo e incendio denunciados.

Cuando aparecieron imágenes de aquella represión, que incluyó la quema y el secuestro de todas las pertenencias de los mapuche --ropa, frazadas, juguetes, libros-- y donde también desapareció la mochila de Maldonado, el abogado Rojas presentó una denuncia ante la Cámara de Apelaciones de Comodoro Rivadavia, que abrió una causa pero nunca lo informó en el expediente. "Estuvo dormida, la cerraron en 2019 y ahora Lleral la suma a la causa madre porque se lo ordenó Casación", explicó el letrado. Para el fiscal Baquioni se trata de un caso de "violencia institucional".

Por su parte, la abogada de la familia Maldonado, Verónica Heredia, advirtió que sobre el juez Lleral todavía pesan sus recusaciones, y todos los planteos en la Corte Suprema están sin resolver, por lo tanto cualquier iniciativa podría ser decretada luego como nula. "Lleral ya habia dicho que eran asuntos separados, y además quedaron absueltos los mapuche Matías Santana y Nicolás Jones Huala en la causa 8144/2017 abierta por el corte de la ruta", recordó Heredia. "Entre las medidas que le pedí en su momento a Lleral y no hizo lugar, fue levantar los restos de esa fogata que hicieron los gendarmes para analizar el material y descartar o no si estaba la mochila de Santiago que nunca encontró. Hacer desaparecer la mochila puede ser la explicación de esa fotaga. Se lo pedí por escrito y el 12 de diciembre de 2017 cuando fuimos al territorio", agregó.