El propósito de relegar a los pacientes bonaerenses que vienen a atenderse en los hospitales porteños; la entrega a universidades privadas de las vacantes para prácticas en hospitales públicos; la desactivación del Programa de Atención Comunitaria para Niños, Niñas y Adolescentes con Trastornos Mentales Severos (PAC): esos y otros fueron los motivos de protesta que jalonaron la gestión de Jorge Lemus como ministro de Salud de la ciudad de Buenos Aires. El último cuestionamiento fue suscitado por la reglamentación restrictiva para la atención de abortos no punibles.

En diciembre de 2007, pocos días después de su asunción, Lemus anunció que en los hospitales de la ciudad de Buenos Aires se priorizaría la atención de los porteños, antes que la de los bonaerenses que suelen concurrir a ellos, lo cual fue rechazado por las autoridades de la provincia y por la oposición porteña. En enero de 2008, sostuvo el veto del Ejecutivo a la ley porteña que creaba un laboratorio estatal de producción de medicamentos. En abril de 2008 se anunció la creación de diez nuevos establecimientos de internación psiquiátrica cerrados, correlativa al cierre de los neuropsiquiátricos Borda y Moyano, en contradicción con las recomendaciones de la OMS que desalientan la construcción de nuevos establecimientos. También tuvo que dar marcha atrás con el sistema de compras centralizadas, que desabasteció a los hospitales de la Ciudad.

En septiembre de 2008, la Facultad de Medicina de la UBA reclamó por los convenios con universidades privadas que las habilitaron a realizar prácticas en los hospitales porteños, limitando las vacantes para la universidad pública.

En abril de 2010, el juez Roberto Gallardo citó a Lemus por desobediencia a fallos que le ordenaban enviar una ambulancia a la Villa 21-24. En julio de 2010, la jueza Elena Liberatori ordenó reabrir el hospital oftalmológico Pedro Lagleyze, que el gobierno porteño había cerrado luego de que funcionara sin gas ni agua caliente durante más de un año. En junio, en el marco del aumento de la mortalidad infantil en la Ciudad, se reveló que en la Ciudad el Plan Nacer, al que había adherido el gobierno porteño, sólo había inscripto al 10 por ciento de sus posibles beneficiarios. También en junio, la oposición legislativa porteña pidió la renuncia de Lemus, luego de que Página/12 reveló que cobraba un sueldo paralelo de 16 mil pesos mensuales como asesor de una mutual privada.

En noviembre de 2010, la jueza Elena Liberatori le impuso, al igual que al jefe de Gobierno, Mauricio Macri, multa y embargo por incumplir la construcción de un hospital público en el barrio de Villa Lugano. Ese mismo mes, la misma jueza ordenó la reapertura del Servicio de Zooterapia para Niños con Discapacidades Psicofísicas, que Lemus había cerrado. En abril de 2011, el juez Roberto Gallardo le dio un plazo para normalizar la atención del SAME en las villas. En abril de 2011, trabajadores del neuropsiquiátrico Borda iniciaron lo que se convertiría en una larga protesta por la falta de gas. El 30 de junio de 2011 la jueza Liberatori volvió a intimar al gobierno porteño por la falta de gas en el Lagleyze, que databa ya de tres años.

En marzo de 2012 se conoció la desactivación del Programa de Atención Comunitaria de Niños, Niñas y Adolescentes con Trastornos Mentales Severos (PAC). En junio, legisladores denunciaron el aumento de la mortalidad infantil en un 26 por ciento durante 2011. En julio, la entidad Asumen, que incluye a jefes y ex jefes de neonatología, requirió declarar la emergencia sanitaria neonatal en la Ciudad y reorganizar el sistema de modo que los nacimientos de alto riesgo sean derivados sólo a los hospitales de más alta complejidad. En septiembre de 2012, el gobierno reglamentó la atención de abortos no punibles con un criterio restrictivo que recibió fuertes críticas de legisladores de la oposición (ver nota aparte). Ayer se anunció la renuncia de Jorge Lemus al cargo de ministro de Salud de la Ciudad.